1. Hinsichtlich der Streitjahre 2006 und 2007 im Verfahren der Klägerin und Beschwerdeführerin zu 1 (Klägerin zu 1) und der Streitjahre 2005 und 2006 im Verfahren der Klägerin und Beschwerdeführerin zu 2 (Klägerin zu 2) führt die Beschwerde aus anderen als den geltend gemachten Gründen zur Aufhebung der Vorentscheidung und zur Zurückverweisung an das Finanzgericht --FG-- (§ 127 der Finanzgerichtsordnung --FGO--). Es kann offenbleiben, ob die geltend gemachten Zulassungsgründe insoweit vorliegen, denn die Vorentscheidung war für diese Streitjahre entsprechend § 127 FGO aufzuheben, da die Umsatzsteuer-Vorauszahlungsbescheide für diese Streitjahre, deren Nichtigkeit die Klägerin zu 2) geltend macht, während des Beschwerdeverfahrens durch Umsatzsteuer-Jahresbescheide ersetzt wurden.
a) Nach ständiger Rechtsprechung verlieren Umsatzsteuer-Vorauszahlungsbescheide durch den Umsatzsteuer-Jahresbescheid ihre Wirksamkeit, wobei der Jahresbescheid die Vorauszahlungsbescheide in seinen Regelungsgehalt aufnimmt (vgl. z.B. Urteil des Bundesfinanzhofs --BFH-- vom 19. Mai 2005 V R 31/03, BFHE 210, 167, BStBl II 2005, 671; BFH-Beschluss vom 22. Oktober 2003 V B 103/02, BFH/NV 2004, 502). Wird deshalb während des Verfahrens über eine zulässige Beschwerde der angefochtene Vorauszahlungsbescheid ersetzt, wird dieser in entsprechender Anwendung des § 68 FGO Gegenstand des Beschwerdeverfahrens (BFH-Beschlüsse vom 18. Dezember 2003 II B 31/00, BFHE 204, 35, BStBl II 2004, 237; vom 29. Oktober 2004 XI B 213/02, BFH/NV 2005, 566; vom 18. Januar 2005 VIII B 97/03, BFH/NV 2005, 899).
b) Enthält ein ersetzender Jahresbescheid oder ein geänderter Umsatzsteuerbescheid gegenüber dem angefochtenen eine Verschlechterung, die erstinstanzlich nicht überprüft wurde, ist die Sache bereits aus diesem Grund an das FG zurückzuverweisen (BFH-Beschluss in BFHE 204, 35, BStBl II 2004, 237). Einer Aufhebung der Vorentscheidung bedarf es allerdings nicht, wenn die verbösernde Entscheidung nicht streitig ist (vgl. z.B. BFH-Beschlüsse vom 31. Mai 2005 VIII B 294/03, BFH/NV 2005, 1832, und vom 26. Juli 2006 V B 198/05, BFH/NV 2006, 2112). Dies trifft im Streitfall aber nicht zu, da die in den gegenüber der Klägerin zu 2) erlassenen Umsatzsteuer-Jahresbescheiden 2005 und 2006 jeweils festgesetzte Umsatzsteuer höher ist als die sich nach den Vorauszahlungsbescheiden für das jeweilige Streitjahr ergebende Umsatzsteuer und die Beteiligten die Erhöhung nicht unstreitig gestellt haben.
2. Im Übrigen hat die Beschwerde keinen Erfolg.
a) Die von den Klägerinnen aufgeworfene Rechtsfrage, ob "§ 115 Abs. 2 Satz 1 Nr. 1 und 2 FGO mit dem Grundrecht auf Rechtsweggarantie, Art. 19 Abs. 4 i.V.m. Art. 101 Abs. 1 GG vereinbar" ist, ist nicht von grundsätzlicher Bedeutung (§ 115 Abs. 2 Nr. 1 FGO). Denn zum einen verstößt es nach der Rechtsprechung des Bundesverfassungsgerichts (BVerfG) nicht gegen Art. 19 Abs. 4 des Grundgesetzes (GG), dass gemäß § 115 FGO die Zulässigkeit der Revision vom Vorliegen bestimmter Zulassungsgründe abhängt (BVerfG-Beschluss vom 14. Mai 1987 1 BvR 484/87, Steuerrechtsprechung in Karteiform --StRK--, Finanzgerichtsordnung, § 115 Abs. 1, Rechtsspruch 40). Durch die Rechtsprechung des BVerfG (Beschluss vom 9. Dezember 1987 1 BvR 1271/87, Höchstrichterliche Finanzrechtsprechung --HFR-- 1989, 272), der sich der BFH angeschlossen hat (z.B. BFH-Urteil vom 18. Februar 1997 VIII R 54/95, BFHE 183, 6, BStBl II 1997, 647; BFH-Beschluss vom 3. August 2000 VIII B 80/99, BFH/NV 2001, 783), ist auch geklärt, dass es verfassungsrechtlich nicht geboten ist, über die in § 51 FGO vorgesehenen Möglichkeiten hinaus Finanzrichter allein deshalb von der richterlichen Tätigkeit auszuschließen, weil sie früher der Finanzverwaltung angehört haben, da allein die frühere Verbindung zur Exekutive keine Vermutung mangelnder Unabhängigkeit begründet.
b) Auch den weiteren von den Klägerinnen aufgeworfenen Rechtsfragen zum Umsatzsteuergesetz 1999/2005 (UStG) in seinen in den Streitjahren geltenden Fassungen kommt keine grundsätzliche Bedeutung zu. Dies gilt insbesondere für die Rechtsfrage, ob "sich die Nichtigkeit des Umsatzsteuergesetzes aus Art. 19 Abs. 1 Satz 1 GG (Zitiergebot) deshalb ergibt, weil § 27b UStG Grundrechte und zwar
a) aus Art. 13 GG (Unverletzlichkeit der Wohnung) und durch die Eröffnung der Möglichkeit der Anwendung unmittelbaren Zwangs gegen den Steuerbürger
b) aus Art. 2 Abs. 2 (Recht auf Leben, körperliche Unversehrtheit und Freiheit der Person),
c) Art. 10 Abs. 1 GG (Briefgeheimnis, Post- und Fernmeldegeheimnis)
jeweils über die grundgesetzlich bestimmten Schranken hinaus, einschränkt?"
Dabei kann offenbleiben, ob das im Rahmen einer Umsatzsteuer-Nachschau eingeräumte Betretungsrecht von Wohnungen und Geschäftsräumen einen Eingriff in den Schutzbereich des Art. 13 GG darstellt und daher das UStG den Anforderungen des Zitiergebots nach Art. 19 Abs. 1 Satz 2 GG zu entsprechen hat (so Tormöhlen, Umsatzsteuer- und Verkehrsteuer-Recht --UVR-- 2006, 84 ff.; Wäger, Der Betrieb --DB-- 2002, Beilage 1/2002, und Zugmaier in Hartmann-Metzenmacher, § 27b UStG Rz 6, 68 ff.; a.A. Leonard in Bunjes/Geist, UStG, § 27b Rz 7; Nieskens in Rau/Dürrwächter, UStG, § 27b Rz 31).
aa) Selbst wenn § 27b UStG gegen das Zitiergebot des Art. 19 Abs. 1 Satz 2 GG verstoßen würde, ergäbe sich hieraus nur eine Teilnichtigkeit des UStG im Hinblick auf die möglicherweise in Grundrechte eingreifende Vorschrift des § 27b UStG, nicht aber eine weitergehende Nichtigkeit anderer Vorschriften des UStG, die nicht dem Zitiergebot unterliegen und somit auch keine Nichtigkeit des UStG insgesamt. Denn die Verletzung des Zitiergebots durch eine einzelne Vorschrift eines Gesetzes begründet nur die Nichtigkeit dieser Vorschrift und damit eine Teilnichtigkeit des Gesetzes (vgl. Huber in Mangoldt/Klein/ Starck, GG, 5. Aufl. 2005, Art. 19 Rz 103; Dreier, GG, 2. Aufl. 2004, Art. 1 Rz 28; P. Lerche in Isensee/Kirchhof, Handbuch des Staatsrechts, Band V, 2. Aufl. 2000, § 122 Rz 42). Eine Nichtigkeit des gesamten Gesetzes kommt nach allgemeinen Rechtsgrundsätzen nur in Betracht, wenn der ungültige Gesetzesteil mit dem Gesetz im Übrigen derart verflochten ist, dass beide eine untrennbare Einheit bilden (vgl. allgemein, BVerfG-Urteile vom 19. März 2003 2 BvL 9/98, 2 BvL 10/98, 2 BvL 11/98, 2 BvL 12/98, BVerfGE 108, 1). Dies trifft auf das Verhältnis von § 27b UStG zu den weiteren Vorschriften des UStG nicht zu. Insbesondere die Vorschriften zur Bestimmung der Steuerschuld in § 1 UStG bis § 17 UStG oder in § 23 UStG bis § 25c UStG weisen eine derartige Verknüpfung mit der Regelung zur Umsatzsteuer-Nachschau nach § 27b UStG nicht auf.
bb) Die Frage, ob § 27b UStG wegen Verstoßes gegen das Zitiergebot verfassungswidrig ist, ist im Streitfall nicht entscheidungserheblich. Denn bei beiden Klägerinnen ist nach den Feststellungen des FG keine Umsatzsteuer-Nachschau erfolgt, so dass nicht zu entscheiden ist, ob § 27b UStG gegen Art. 19 Abs. 1 Satz 2 GG verstößt und welche weiteren Folgen sich hieraus für das Besteuerungsverfahren ergeben könnten.
c) Die Revision ist auch nicht im Hinblick auf die Zurückweisung des Ablehnungsgesuchs als rechtsmissbräuchlich nach § 115 Abs. 2 Nr. 3 FGO zuzulassen.
aa) Mit der Nichtzulassungsbeschwerde können Verfahrensmängel, die als Folge der Ablehnung eines Befangenheitsgesuchs dem angefochtenen Urteil anhaften, geltend gemacht werden. Dies setzt voraus, dass die Ablehnung gegen das Willkürverbot verstößt oder ein Verfahrensgrundrecht wie der Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 103 Abs. 1 GG) oder den gesetzlichen Richter (Art. 101 Abs. 1 Satz 2 GG) verletzt wird. Auch das Verfahrensgrundrecht auf den gesetzlichen Richter schützt aber nur vor willkürlichen Verstößen gegen Verfahrensvorschriften. Eine Besetzungsrüge kann deshalb nur dann Aussicht auf Erfolg haben, wenn sich dem Beschwerdevorbringen entnehmen lässt, dass der Beschluss über die Zurückweisung des Ablehnungsgesuchs nicht nur fehlerhaft, sondern greifbar gesetzwidrig und damit willkürlich war (BFH-Beschlüsse vom 16. Januar 2006 VIII B 35/05, BFH/NV 2006, 957; vom 25. Juli 2005 VII B 2/05, BFH/NV 2005, 2035; vom 13. Januar 2003 III B 51/02, BFH/NV 2003, 640; vom 25. September 2006 V B 215/05, BFH/NV 2007, 249).
bb) Die Entscheidung des FG, das Ablehnungsgesuch sei rechtsmissbräuchlich, ist weder greifbar gesetzwidrig noch willkürlich.
(1) Nach § 51 Abs. 1 Satz 1 FGO i.V.m. § 42 der Zivilprozessordnung (ZPO) findet die Ablehnung eines Richters wegen Besorgnis der Befangenheit statt, wenn ein Grund vorliegt, der geeignet ist, Misstrauen gegen die Unparteilichkeit des Richters zu rechtfertigen. Dabei kommt es darauf an, ob der Prozessbeteiligte von seinem Standpunkt aus bei vernünftiger objektiver Betrachtung Anlass hat, die Voreingenommenheit des oder der abgelehnten Richter zu befürchten (BFH-Beschlüsse vom 27. August 1998 VII B 8/98, BFH/NV 1999, 480, und vom 11. Februar 2003 VII B 330/02, VII S 41/02, BFHE 201, 483, BStBl II 2003, 422). Gemäß § 51 Abs. 1 Satz 1 FGO i.V.m. § 44 Abs. 2 ZPO sind die das Misstrauen in die Unparteilichkeit rechtfertigenden Umstände im Ablehnungsgesuch substantiiert darzulegen und glaubhaft zu machen (BFH-Beschlüsse vom 13. September 1991 IV B 147/90, BFH/NV 1992, 320, und in BFHE 201, 483, BStBl II 2003, 422).
(2) Werden wie im Streitfall pauschal alle Berufsrichter eines Spruchkörpers abgelehnt, ist das Ablehnungsgesuch regelmäßig missbräuchlich, sofern nicht konkrete Anhaltspunkte im Hinblick auf die Kollegialentscheidung vorgebracht werden, die auf eine Befangenheit aller Mitglieder des Spruchkörpers hindeuten. Ist das Ablehnungsgesuch danach rechtsmissbräuchlich und deshalb offensichtlich unzulässig, entscheidet das Gericht darüber in der nach dem Geschäftsverteilungsplan vorgesehenen Besetzung, ohne dass es einer vorherigen dienstlichen Äußerung der abgelehnten Richter nach § 51 FGO i.V.m. § 44 Abs. 3 ZPO bedarf (z.B. BFH-Beschluss vom 1. April 2003 VII S 7/03, BFH/NV 2003, 1331). In diesem Fall ist es auch nicht notwendig, über den Antrag in einem besonderen Beschluss zu entscheiden, sondern es kann im Urteil darüber mitentschieden werden (BFH-Beschlüsse in BFHE 201, 483, BStBl II 2003, 422; vom 21. November 2002 VII B 58/02, BFH/NV 2003, 485, und vom 31. August 1999 V B 53/97, V S 13/99, BFH/NV 2000, 244).
Es bestehen auch keine konkreten Anhaltspunkte, die auf eine Befangenheit aller Mitglieder des Spruchkörpers hindeuten. Im Streitfall wird das Ablehnungsgesuch im Wesentlichen damit begründet, dass das FG seinem im Verfahren des einstweiligen Rechtsschutzes ergangenen Beschluss vom 3. Januar 2008 einen Tatbestand zugrunde gelegt habe, der "vermeintlich die Ablehnung des Antrags der Antragsteller" zulasse. Denn das FG sei davon ausgegangen, dass es auf die gerügte Verfassungswidrigkeit des § 27b UStG deshalb nicht ankomme, weil im Streitfall eine Umsatzsteuer-Nachschau nicht angeordnet worden sei. "Eine andere Bewertung der Rechtslage hätte vorgenommen werden müssen", wenn das FG berücksichtigt hätte, dass wegen Nichtbeachtung des Zitiergebots des Art. 19 Abs. 1 Satz 2 GG "das gesamte Umsatzsteuergesetz nichtig" sei. Es komme daher nicht darauf an, ob im Streitfall § 27b UStG angewendet worden sei. Dass das FG dies entgegen dem Vortrag der Klägerinnen nicht erwähnt habe, habe es den wesentlichen und entscheidungserheblichen Teil "bei der Schilderung des Tatbestandes verschwiegen". Gründe für eine willkürliche Ablehnung des Befangenheitsantrags ergeben sich hieraus nicht. Denn das FG hat zu Recht entschieden, dass sich die Frage einer sich aus Art. 19 Abs. 1 Satz 2 GG ergebenden Nichtigkeit nur im Hinblick auf § 27b UStG, nicht aber im Hinblick auf das gesamte UStG stellt, so es für die Beurteilung im Streitfall auf die Frage eines Verstoßes gegen das verfassungsrechtliche Zitiergebot nicht ankam, da gegenüber den Klägerinnen keine auf § 27b UStG gestützten Maßnahmen ergangen sind (s. oben 2. b).
d) Eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 103 Abs. 1 GG, § 96 Abs. 2 FGO) ergibt sich entgegen der Ansicht der Klägerinnen nicht daraus, dass sich das FG ihrer Rechtsauffassung nicht angeschlossen hat. Ebenso wenig liegt ein nicht mit Gründen versehenes Urteil (§ 119 Nr. 6 FGO) vor. Von einem derartigen Urteil wäre nur dann auszugehen, wenn Urteilsgründe entweder überhaupt fehlen oder das FG ein selbständiges Angriffs- oder Verteidigungsmittel mit Stillschweigen übergangen hat oder wenn die gegebene Begründung so substanzlos ist, dass sie die maßgeblichen Feststellungen und Erwägungen des FG nicht erkennen lässt (BFH-Urteil vom 2. Oktober 2001 IX R 25/99, BFH/NV 2002, 363; BFH-Beschlüsse vom 2. Februar 1999 II R 91/97, BFH/NV 1999, 1106; vom 21. Dezember 2001 VII R 24/01, BFH/NV 2002, 660). Diese Voraussetzungen liegen hier nicht vor, da das FG die Frage, welche Bedeutung § 27b UStG für den Streitfall zukommt, ausdrücklich erörtert hat.
e) Ein Verfahrensfehler i.S. von § 115 Abs. 2 Nr. 3 FGO ergibt sich auch nicht aus der Auffassung der Klägerinnen, das Urteil des FG sei nicht aufgrund einer mündlichen Verhandlung gemäß § 90 Abs. 1 FGO ergangen. Die Annahme der Klägerinnen, es habe "nach Zusicherung des Gerichts keine öffentliche Verhandlung und keine Erörterung im Rechtssinn stattgefunden" geht fehl und widerspricht dem eigenen Vortrag der Klägerinnen, wonach das FG nur zusicherte, dass "der Termin vom 18.02.2008 keine Suspension des Befangenheitsantrags zur Folge habe". Letzteres entspricht auch dem Protokoll über die mündliche Verhandlung. Dass die Klägerinnen die mündliche Verhandlung nicht als solche werten wollen und davon ausgingen, dass eine mündliche Verhandlung nicht stattgefunden habe, ist unerheblich. Dementsprechend hat das FG den Protokollberichtigungsantrag der Klägerinnen durch Beschluss vom 26. März 2008 abgelehnt. Schließlich war das FG entgegen der Auffassung der Klägerinnen im Zeitpunkt der mündlichen Verhandlung nicht falsch besetzt, da die Ablehnung des Befangenheitsantrags im Urteil erfolgen konnte (s. oben 2. c bb).
3. Von einer weiteren Begründung sieht der Senat nach § 116 Abs. 5 Satz 2 FGO ab.
4. Die Übertragung der Kostenentscheidung hinsichtlich der Streitjahre 2002 bis 2004 im Verfahren der Klägerin zu 2) beruht auf § 143 Abs. 2 FGO.
Soweit die Beschwerde zurückgewiesen wurde, haben die Klägerinnen gemäß § 135 Abs. 2 FGO die Kosten des Beschwerdeverfahrens zu tragen (vgl. dazu BFH-Beschluss vom 26. März 2003 VI B 151/01, BFH/NV 2003, 1068).